悉尼在香港醒来后，对过去两年没有记忆（！），她回到洛杉矶，试图拼凑出她过去两年的生活，并发现了她的朋友和家人的命运。沃恩已经结婚，以为悉尼早就死了；马歇尔与中情局技术专家卡莉-鲍曼有了孩子；迪克逊现在是中情局洛杉矶办事处分部的新部门主管。希尼还得知了杰克和斯隆令人震惊的命运；前者因与伊琳娜联系而被中情局关押，而后者因与中情局合作而被软禁在瑞士。悉尼在一个可能帮助她恢复记忆的案件中获得了中情局的临时许可，她遇到了一个新的敌人组织--圣约。