紧接着上一季的结局，克拉克和幸存的48名少年流亡者（最初的100人中）独自在白色的房间里，疯狂地试图弄清周围诡异的环境，而贝拉米、芬恩和乌鸦的命运仍然未知。在实验室外，林肯和屋大薇寻找朋友的大胆计划因一个致命的敌人回来而受挫。与此同时，艾比、凯恩和方舟的几百名幸存者必须在他们危险而美丽的新世界中面对身体和道德上的困境。在方舟的轨道上，贾哈独自做出了一个英雄般的决定。